При снятии HDD я не вынимал провода из ГУ
Это ОЧЕНЬ зря. Практически Вы поставили систему раком, посунув ей другой диск, с другим содержимым и софтом в тот момент, когда продолжал работать старый софт, ибо голова НАХОДИЛАСЬ ПОД ДЕЖУРНЫМ ПИТАНИЕМ. Вы, наверное, первый, кто не отключал разъемы и тем самым не перегружал НОВЫЙ софт после подмены диска. Последствия такого действия предсказать невозможно, но производитель явно на такое не расситывал. Если после повторного отключения питания, ну еще по умолчанию СРАЗУ настройки какие можете, сбростьте, система не придет в себя, то ищите образ диска для полного восстановления.
При изучении образов диска (моего от 2009г и нового от 2015г) у меня возник вопрос. На моем диске в 1 разделе больше количество файлов и нет файлика 05.CMP. Может быть в моем случае надо обязательно удалять и делать полную замену файлов в разделе? Или есть иное решение?
05.CMP файл мутный. С большой вероятностью он ни нафиг большиству навигаций не нужен. Но оставтьте, не мешает уж точно.