Теоретически, не имеет значения, каким образом обновлять данные, замещением при совпадении имён, либо через удаление всех старых файлов с последующей записью новых.
Разумеется не имеет нималейшего значения. Проблема только в том, в каком случае вероятность НЕПОПРАВИМОЙ ошибки есть, а в каком случае ее просто НЕТ. Так вот, непоправимая ошибка может быть совершена ТОЛЬКО в случае, если неизвестно зачем предварительно УДАЛЯТЬ файлы. Делая эти ЛИШНИЕ действия можно сделать только дополнительные ошибки, причем непоправимые.
...с пояснением всех нюансов, то все будут только благодарны.
Вот хотя-бы один нюанс поясняющий вредность (а бесполезность и так ясна) удаления перед копированием, как мне кажется, удалось пояснить

.