Стучать может сама рейка, промежуточный вал с карданчиками и шлицевым соединением, и рулевая колонка.
Стук в рулевой колонке чаще всего связан с износом пластиковой шестерни электроусилителя. Способ ремонта на снятой детали я описывал здесь:
http://prius-club.su/index.php/topic,1747.msg72808.html#msg72808То же самое можно сделать без снятия рулевой колонки, лёжа головой в педалях.