Надо искать течь. Возможные места: уплотнение заднего фонаря, пластиковая закладная под саморез крепления бампера и, самое плохое, усталостные трещины по стыкам кузовных панелей (крыла с крышей) под декоративным молдингом крыши. Надо внимательно всё проверять. Лучше всего разобрать обшивку багажника до голого металла, залезть внутрь, чтобы кто-нибудь обильно лил воду на крышу и наблюдать.
Наверное так и поступлю - выну поддон, вытащу запаску и пополиваю машину всяко-разно.
Внизу, там где запаска есть два дренажных отверстия закрытых резиновыми пробками. Имеет ли смысл оставить одно из них открытым (когда запаска стоит - до них не добраться), чтобы попадающая вода стекала?