Версия с конденсатом тоже возможна, но не в таких объемах. И вода была бы с двух сторон багажника.
Надо искать течь. Возможные места: уплотнение заднего фонаря, пластиковая закладная под саморез крепления бампера и, самое плохое, усталостные трещины по стыкам кузовных панелей (крыла с крышей) под декоративным молдингом крыши. Надо внимательно всё проверять. Лучше всего разобрать обшивку багажника до голого металла, залезть внутрь, чтобы кто-нибудь обильно лил воду на крышу и наблюдать.