Отвечу сам себе. Оказывается, существует калибровка стеклоподъемников с автоматическим режимом.
У кого-то проблемы появляются и просто после снятия клемм АКБ. Но я столкнулся впервые.
Чтобы откалибровать стеклоподъемник на приусе нужно:
1. поднять стекло до упора вверх и не отпускать кнопку секунд 10 (будет слышен еле заметный щелчок)
2. опустить стекло вниз до упора и не отпускать кнопку секунд 5.
При подъеме/опускании стекла кнопку необходимо переводить в крайние положения.