Единственное что меня смущает, что нужно будет переключать контролеры IDE на включенном ПК, насколько я знаю контролеры IDE того боятся.
Чтобы этого избежать, можно сделать "загрузочную" USB флешку (с HDAT2), при этом CD-rom отключить сразу, а вместо него (в этот же шлейф) подключить HDD.
Но я так не пробовал.