если high - то форматнуть то можно, это будет security erase - естественно с удалением всей информации.
Что значит High в данном случае?
Так и пускай вся информация удалится - на чистый винт потом образ залить и усе.
к АТА командам без эмуляторов портов через USB не добраться. http://www.ihdd.ru/forum/mhdd-faq-t6.html
у меня не получилось 
Через USB же вроде все работает? Топикстартер через USB и делал.