По поводу текущего способа обновления только один вопрос: зачем обязательно использовать второй HDD? Почему нельзя просто отформатить исходный (предварительно сделав с него образ на всякий пожарный) и затем записать на него же актуальный образ с обновлениями?
Второй HDD не обязательно.