Делать надо наоборот (как при записи)
Открываем WinHex, в ней выбираем "Tool" -> "Disc Tool" -> "Clone disc". Далее в появившемся окне, нажав на иконку с диском, выбираем подключенный HDD, затем ниже на иконку с белым листом и выбираем куда сохранить скаченный образ. Ничего больше выбирать не надо.
Да вот так и делал. И размер получается правильный. Только вот эта фигня с названиями разделов происходит. А вы какой версией WinHex пользуетесь? Может можно как-то проверить образ на правильность?