но стоило машине постоять в гараже более трёх дней , стук повторился уже при плюсовой температуре +12 , думаю что действительно за те три дня в коллекторе  впускном вода , конденсат , он и есть причина стука .
Amatory67, вряд ли это возможно при стабильной плюсовой температуре. Причина может быть в другом: 
Инициализация (настройка) ISC