Что есть перезагрузка ГУ 
Оно в любом случае по новой инициализирует диск при первой загрузке после обновления .
Глюкан с цветом у меня был при не правильной записи файлов в папку SD , это 100% , папка IDX за цветность точно не отвечает .
У меня , при наличии в этой папке 330 файлов , все работает отлично , глюков и проблем нет 
перегрузка ГУ - это подклинивание на самом мелком масштабе с последующим показыванием значка тойота и отображением интерфейса в EGA
про 330 - возможно, не пробовал с меньшим количеством, косяк ловил именно с не полным заполнением IDX, хотя причем здесь индексы БД - ХЗ

дополнительные файлы (8-9) - это хвост необновленных с самой первой версии..
кстати, возможно, что действительно дело не в IDX, т.к. опыты ставил на еле живом фуджике, который мог дать клина на некоторых файлах... но на "молоко" с тех пор дую..